浙江大学医学院临床医学三系成立于1999年，设在浙江大学医学院附属邵逸夫医院，现任系主任是蔡秀军教授。邵逸夫医院是由香港实业家邵逸夫先生捐款、浙江省人民政府配套建立的具有国内示范水平的集医疗、教学和科研为一体的综合性医院，是国内首家通过JCI国际医院评审的公立医院。
临床医学三系目前有13个博士点和27硕士点，拥有浙江大学邵逸夫临床研究所、浙江大学微创外科研究所、浙江省重点实验室肿瘤生物治疗实验室和浙江省腔镜技术研究重点实验室四大研究机构。设有内科学（下设6个三级学科）、外科学（下设5个三级学科）、神经病学、精神病学、感染病学、肿瘤学、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、皮肤性病学、影像医学与核医学、中医学、急诊医学、麻醉学、口腔学等26个教研室；拥有1个技能培训中心，1个远程教学中心、1个网络图书馆，4个教室、3个讨论室和27个楼层示教室。
临床医学三系临床医学一级学科有教师572人，高级职称202，其中教授14人，浙江省省级教学名师1人。有博士生导师21人，硕士生导师59人。具有博士学位者170人，硕士学位者306人。
临床医学三系坚持走医、教、研相结合的道路；一直来把培养高质量、高水平的医学人才作为办学宗旨，同时引进国外先进的管理经验和教学经验，逐渐形成一整套颇具特色且行之有效的教学制度和方法。研究生招生规模也不断扩大，管理水平和培养质量不断提高，近五年，三系招收博士研究生89名，招收硕士研究生431名，为国家和社会培养了大批高层次临床医学专门人才。
临床医学三系的快速成长得益于多年来医院先进的管理理念和管理方式。三系教学一直利用医院国际化背景优势，注重培养教师的双语教学能力，明确英文教学，既能直接吸收世界医学知识，又是进行国际交流的必要手段。教师注重英语学习，整体英文教学能力强。每年，医院都有计划地派遣一些已有数年工作经验的优秀青年医师、教师到欧美各国进修深造，教师国外培训比例高达40%以上，以此来更新医疗知识，提高教学水平。2002年，医院率先引进PBL（以问题为导向）教学理念，倡导把学习设置于复杂的、有意义的问题情境中，通过解决真实性问题，培养自主学习、终生学习的能力。这种教学模式，深受学生喜爱，并多次在教学评比中获得好评，并开始在医学院推广实施，目前己成为医学院的教学特色之一。
近年来随着医学教育要求的逐步提高，医学生临床实践教学要求不断细化。三系为了顺应学校学院要求也不断细化管理，提高整体教学质量，加大教学投入。我们率先在医学院内开展各类学生的始业教育培训，强化学生临床技能培训，推广客观结构化考试(OSCE考试)，开展学生和教师的双向评价和反馈机制，设立临床教学岗和脱产带教制度，细化教师绩效考核等。通过大家努力，三系教学水平有了进一步提高，在近年的见习生毕业考核，实习生毕业考核和执业医生考试中均取得了优良成绩。
此外，三系十分重视国际交流，自2003年以来相继接收了来自美国、英国、澳大利亚、德国、荷兰、瑞典、波兰、新西兰等高等医学院校的高年级医学生来系进行短期临床学习，到今年上半年共接收海外学生206名，且逐年呈上升趋势。通过对海外学生的接收和培养，提高了三系和医院的国际声誉，提高了教师的英语教学能力，同时也为国际学生了解中国、了解浙江大学提供了一个良好平台。
浙江大学医学院临床医学三系年轻、充满活力，自信、对未来满怀憧憬，依托浙江大学医学院附属邵逸夫医院的不断发展，三系的教学条件、教学水平一定会继续快速提升！